构建亚细胞定位载体时,GFP融合位置为什么有N端、C端之分?
若序列中存在信号肽,则构建载体时需避开这一端来融合荧光蛋白。需注意不同的融合方式可能会得到不同的定位结果,例如融合在荧光蛋白N端的目标蛋白一般无法得到过氧化物酶体的定位结果;融合在荧光蛋白C端的目标蛋白一般无法得到线粒体、质体的定位结果。
为什么不同的受体材料有时得到的定位结果不一样?
不同物种的细胞在翻译表达基因时,其表达模式和影响因子不同。受物种差异的影响,同一个载体在不同的受体材料中表达的位置可能不同,因此建议实验时尽可能选用与目的基因来源相近的受体材料进行表达。
亚细胞结构分离定位法
通过离心等技术分离各亚细胞结构,然后从分离物种进一步提取蛋白质,对目标蛋白质进行分析或检测,从而获得目标蛋白的定位。本方法适合研究某蛋白质组级别的细胞器定位,通常与双向凝胶电泳分离和质谱技术相结合。
生物信息学预测
通过生物信息学手段,借助一些在线工具对蛋白的亚细胞定位信息进行预测,这种方法可以在短时间获得大量蛋白的预测信息,不仅辅助于实验,还能省时省力节约成本。
标准分类器在蛋白质亚细胞定位中的评估:Debasish Mohapatra 等人对三种标准分类器(Classification And Regression Tree,CART;K-Nearest Neighbor,KNN;Support Vector Machine,SVM)在蛋白质亚细胞定位预测中的性能进行了比较。实验结果表明,SVM 在准确性和宏观平均精度方面表现较好,而 CART 在宏观平均召回率和宏观 F1 分数方面表现较好。
基于 AdaBoost Learner 的蛋白质亚细胞定位预测:Yu-Huan Jin 等人介绍了一种基于 AdaBoost Learner 的蛋白质亚细胞定位预测方法。该方法利用蛋白质的氨基酸组成进行预测,通过 Jackknife 交叉验证和独立数据集测试表明,AdaBoost 是一种稳健有效的模型,预测准确率高于其他现有预测器。
以上信息由专业从事植物启动子筛选的贝科新肽于2025/6/27 23:11:52发布
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